Guia de uso
Tutorial
Do arquivo ao ΔG: como preparar o complexo, conferir a caixa e interpretar Ki, interações e o manifesto de métodos. O cálculo não procura poses — avalia a geometria que você envia.
Abrir o formulárioPara que serve
Use o eAutoDock quando já tem um complexo — cristal, modelo ou pose de outro docking — e quer a energia AutoDock 4.2 dessa geometria. É o número adequado como energia de corte em virtual screening: a do ligante no sítio experimental, não a de uma pose reencontrada.
Não use se o objetivo for descobrir onde o ligante se encaixa. Não há LGA, Vina nem varredura de biblioteca.
O que você precisa
- Um receptor (proteína ou ácido nucleico) e um ligante na pose a pontuar.
- Ou um PDB de complexo (arquivo ou ID RCSB de quatro caracteres, por exemplo 7DIA).
- Formatos: PDB, PDBQT, MOL2, SDF; SMILES só no ligante. Conversão e protonação opcional passam pelo Open Babel (campo pH).
Água, íons de tampão e solventes de cristalização (GOL, EDO, ACT…) são omitidos na extração. Metais e cofatores podem ficar no receptor. No envio você escolhe se o cálculo é público (qualquer visitante vê fila e resultado em Histórico, com o teu username) ou privado (só na tua aba Meus; o link não abre para outros). O resultado em si fica num endereço permanente /jobs/….
1. Estruturas
Em Calcular, dê um nome ao processo e escolha uma das três abas. Trocar de aba limpa os arquivos, para não misturar fontes.
Arquivos separados
Envie receptor e ligante já fatiados. A pose do ligante precisa estar no mesmo referencial do receptor (coordenadas do complexo). Um ligante “solto” na origem produz caixa e energia sem sentido.
Complexo PDB
Um único PDB com proteína e HETATM. Depois do envio aparece o inventário: marque as cadeias do receptor, o ligante a pontuar e se cofatores (Zn, HEM, NAD…) ficam na macromolécula. Aplique a seleção antes de continuar.
ID do PDB — exemplo 7DIA
Digite o código e busque. O RCSB devolve a estrutura; o site lista cadeias, ligantes com nome químico e cofatores. Em 7DIA (falcilisina com mefloquina) isso importa:
- Cadeia A, Falcilysin — deixe marcada.
- Dois ligantes de 26 átomos: H8O e YMZ. O título do PDB aponta para mefloquina, então o padrão é YMZ A1204. Você pode pontuar o H8O se for essa a pose de interesse.
- Zn A1211 permanece no receptor se “manter cofatores” estiver marcado.
- 1 312 águas e GOL/EDO/ACT saem.
- Resíduos com altLoc A/B (17 no 7DIA) ficam com a ocupação maior. Sem isso o MGLTools escreve hidrogênios inválidos no PDBQT e o AutoGrid nem começa.
Clique em Aplicar seleção se mudar cadeia, ligante ou cofatores. Só então continue para o sítio. Os arquivos extraídos levam nomes do tipo 7DIA_A_rec.pdb e 7DIA_YMZ_A1204.pdb.
2. Sítio
A caixa de grade precisa cobrir o ligante. O padding (padrão 5 Å) acrescenta margem em cada eixo. O ponto âmbar é o centro que o AutoDock usa.
Calcular centróide — média das coordenadas ATOM/HETATM do ligante. A caixa é redimensionada para ainda cobrir a pose.
Manual — você digita x, y, z. O tamanho cresce se fizer falta para não deixar átomos do ligante de fora.
O visor 3D mostra proteína, ligante, caixa e centro. Arraste para girar, use o scroll para zoom, “Recentrar no ligante” se perder o enquadramento. Confira se a caixa não corta o ligante e se o sítio visível é o que você quer pontuar. O número de pontos (npts) é ímpar e limitado a 126 por eixo; se a caixa pedir mais, diminua o padding.
3. Enviar e acompanhar
A última tela resume nome, arquivos, sítio e visibilidade. Calcular pede conta. Público: qualquer visitante acompanha a fila e o resultado em Histórico, com o username. Privado: só na tua aba Meus; o link não abre para outros. Enviar coloca o job na fila em /jobs/<uuid>, que o dono pode reabrir depois.
Os estágios aparecem na ordem: validação, ligante, receptor, caixa, AutoGrid4, DPF EPDB, AutoDock4, leitura do log, interações, manifesto. Dá para cancelar enquanto corre. Quando termina, a mesma URL mostra o resultado; o ZIP traz PDBQT, GPF, DPF, log e methods.txt. Os arquivos ficam disponíveis para download por 30 dias.
Como ler o resultado
- ΔG (kcal/mol)
- Energia livre de ligação estimada pelo campo AD4.2. Mais negativo = pose mais favorável neste modelo. Não é um ΔG experimental.
- Ki / Kd e pKi
- Constante derivada do ΔG, convertida para uma unidade legível. pKi = −log10(Ki em M).
- Eficiência de ligante
- −ΔG dividido pelo número de átomos pesados.
- Decomposição
- Termos intermolecular, van der Waals + H-bond + dessolvatação, eletrostática, interna, torsional e unbound — os mesmos do log do AutoDock.
- Interações
- Pontes de hidrogênio (doador → aceptor, distância) e contatos hidrofóbicos na pose enviada, não numa pose otimizada.
- Métodos
- Parágrafo pronto para caderno de laboratório: flags do MGLTools, DPF, padding, npts e centro. Use-o ao reportar o cálculo.
Se algo falhar
- Nenhum ligante no PDB — só água/íon/solvente. Envie o HETATM certo ou use arquivos separados.
- Ligante fora da caixa — aumente o padding ou revise o centro.
- Choque estérico — a pose colide com o receptor. EPDB não “abre” espaço; corrija a geometria antes.
- Erro no prepare_gpf / PDBQT — em estruturas com altLoc, extraia de novo (o fatiamento já resolve a ocupação maior) e reenvie.
- Fila indisponível — Redis ou o worker Celery não estão no ar. No desenvolvimento local isso aparece como erro 503.
Avisos (altLoc resolvida, contato curto não bloqueante, metal sem carga Gasteiger) não abortam o job; leia-os no topo do resultado.
Como citar
Se o cálculo entrar num trabalho, cite o artigo e descreva o modo EPDB (sem busca conformacional). A ficha completa está em Sobre.
Macedo, E. H. P. de, Guariero, F. L., Paiva, C. L. O., Cunha, L. M. da, & Zanchi, F. B. (2024). eAutoDock - Aplicação WEB para cálculo de energia de ligação entre ligante e proteína. Observatório de la Economía Latinoamericana, 22(10), e7051. https://doi.org/10.55905/oelv22n10-049